Das Schulwesen in Waizenkirchen geht auf 1533 und 1567/68 zurück. Erster Schulmeister war Wolfgang Gartner, der damals im Hause Nr. 50 (heute Semper) unterrichtete. 1661 wurde die Schule in das Kaplanhaus (Haus Nr. 16) auf den Schulberg verlegt. Das Kaplanhaus war damals vom Kaplan und vom Schulmeister bewohnt. 1738 brannten die Kirche, das Mesnerhaus und die daneben stehende Schule ab.1846 wurden das Mesner- und das Kaplanhaus abgetragen und an deren Stelle ein neues Schulhaus mit zwei Klassen gebaut. 1848 erhielt die hiesige Volksschule eine dritte, 1873 eine vierte, 1891 eine fünfte und 1932 eine sechste Klasse. Wegen der großen Schülerzahlen waren schon 1911 Parallelklassen zu den bestehenden Klassen notwendig.
Die Schullehrer waren bis 1938 auch bei der Pfarrkirche bestellte Organisten. 1889 wurde an der südöstlichen Seite des Schulhauses ein Zubau in Angriff genommen und 1890 vollendet.
Das neue Schuljahr begann damals am 1. Mai. Die Schulpflicht dauerte 6 Jahre. Die restliche Zeit bis zum 14. Lebensjahr besuchten die Kinder den sogenannten verkürzten Unterricht, der am Samstag ganztägig und sonntags von 12 - 14 Uhr erteilt wurde.
1919 wurde die siebenjährige Alltagsschulpflicht eingeführt, sowie der verkürzte Unterricht an Samstagen und Sonntagen eingestellt. Der Schulbeginn wurde auf den September verlegt.
Während des 2. Weltkrieges litt der Schulbetrieb wegen des Lehrermangels und der häufigen Fliegeralarme. Im Schulhaus waren Militär und Flüchtlinge einquartiert. Der Unterricht wurden in Gasthäusern notdürftig erteilt.
1964 wurden an unserer Schule ein neuer Klassenraum, eine Schulküche, ein Essraum und Garderoben geschaffen.
1966 wurde in Österreich das 9. Schuljahr eingeführt. Das brachte ein neues Problem mit sich: Der große Lehrermangel. Von 1966 - 1974 mussten an unserer Schule ständig zwei lehrerlose Klassen von den übrigen Klassenlehrern mitgeführt werden. Seit 1972 gibt es an der VS Waizenkirchen keine Oberstufe mehr.
Immer wieder gab es Pläne für einen Neubau der mittlerweile desolaten Volksschule. Am Standort der Hauptschule begannen im Juli 1995 schließlich die Arbeiten zur Errichtung eines Schulzentrums. Im Februar 1997 bezog die Hauptschule ihre neue Räumlichkeiten. Im November 1997 begann für die Volksschule der Unterricht in den neu adaptierten Räumen der alten Hauptschule. Offizielle Eröffnung war am 27. Juni 1998.